Natürel sızma zeytinyağının 4 büyük düşmanı ısı, ışık, oksijen ve nemdir. Zeytinyağının kalitesinde meydana gelebilecek bozulmalara karşı uygun şartlarda saklanması gerekmektedir. Zeytinyağı 18-21°C’de doğrudan ışık almayan, serin, kuru ve kokusuz bir ortamda, hava almayacak şekilde, tercihen koyu renkli cam şişelerde ya da laklı teneke ambalajlarda saklanmalıdır. Özellikle plastik ve şeffaf cam şişeler ısı ve ışık geçirgenlikleri yüksek olduğundan natürel sızma zeytinyağının saklanması için uygun değildir. Kısa sürede tüketilemeyecek miktarda satın alınan zeytinyağların kalitesini koruması için ambalaj açılır açılmaz koyu renkli cam şişelere aktarılarak tüketilmesi tavsiye edilmektedir. Türk Gıda Kodeksi’nde zeytinyağının tavsiye edilen raf ömrü, uygun saklama koşulları sağlandığı takdirde 2 yıldır fakat zeytinyağı en iyi şartlarda saklansa bile zamanla olumlu özelliklerini kaybetmektedir. En ideali zeytinyağının üretildiği yıl içinde taze olarak tüketilmesidir.